Постановлением акимата Костанайской области № 184 от 20 декабря 2001 года было создано самостоятельное Государственное учреждение «Региональный центр акимата Костанайской области».
С 3 января 2018 года Постановлением Правительства Республики Казахстан № 559 от 14 сентября 2017 года КГКП «Региональный центр переподготовки и повышения квалификации государственных служащих» акимата Костанайской области реорганизован в Филиал РГКП «Академия государственного управления при Президенте Республики Казахстан» по Костанайской области.
За 18 лет существования обучение прошли свыше 19 тысяч государственных служащих Костанайской области и территориальных подразделений центральных государственных органов.
Организовано и проведено свыше 700 обучающих семинаров.
